1 августа 1941года произошло открытие инфекционной больницы на 300 коек. Это был период крайнего эпидемического неблагополучия: свирепствовали такие инфекции как малярия, сыпной тиф, брюшной тиф, дизентерия, туберкулез и прочие заболевания.

С 1 октября 2005 года больница функционирует на 186 коек, 114 детских, 72 взрослых. C января 2010 года 139 детских коек и 47 взрослых.  С 1 января 2012г. больница рассчитана на 180 коек, 6 сверхсметные койки (ОРИТ), 124 детских коек и 56 взрослых коек. 
Муниципальное бюджетное учреждение здравоохранеия "Городская инфекционная больница" предназначена для госпитализации больных с инфекционной патологией с целью изоляции до полной санации, диагностики и дифференциальной диагностики неясных случаев, лечения инфекционных больных и бактериовыделителей. Городская инфекционная больница обслуживает больных города Улан-Удэ, больных Иволгинского и Тарбагатайского районов, тяжелых, сложных и неясных в диагностическом плане больных со всех районов республики. В здании больницы размещены 5 отделений, приемный покой, отделение реанимации и интенсивной терапии (ОРИТ) с экспресс-лабораторией, рентгенкабинет, кабинет УЗИ. Благодаря проведенной в 2008 году реконструкции 4 отделения, появилось боксированное подразделение для пребывания безнадзорных детей (3 палаты). Проведенная реконструкция и ремонт в данной части отделения значительно улучшили условия пребывания безнадзорных детей, свели к минимуму возможность внутрибольничного инфицирования, а также улучшили условия работы персонала по уходу за детьми.  Из всех отделений, только одно полубоксированное и имеет 2 мельцеровских бокса. С 2007г., после проведенной капитальной реконструкции, приемное отделение состоит из 4-х боксов, для госпитализации больных с воздушно-капельными и кишечными инфекциями. 

Вирусные гепатиты представляют одну из важнейших проблем здравоохранения. Учитывая актуальность проблемы в 1993 г. на базе ГИБ был создан гепатологический кабинет. В сентябре 2011г. на его базе  был открыт Городской диагностический центр, в котором осуществляется диспансерное наблюдение за реконвалесцентами вирусных гепатитов, диспансеризация больных хроническими вирусными гепатитами, оказывается консультативная помощь больным с патологией гепатобилиарной системы. 

Работа по профилактике инфекционных заболеваний проводится в тесном взаимодействии с ГЦМП. Совместно подготовлены памятки и листовки по профилактике клещевого энцефалита, ботулизма, кишечных инфекций. Врачи-инфекционисты неоднократно выступали по вопросам профилактики инфекционных заболеваний по радио, телевидению и печатались в СМИ - статьи, семинаров и конференций. На базе Городской инфекционной больницы расположена кафедра инфекционных болезней медицинского факультета БГУ.